רקע:

• ב1989 מוקמת יחידת "שמשון" לאחר האינתיפאדה  בגזרת יהודה, שומרון וחבל עזה.
• ב1995 – עם העברת העיר עזה לשליטה אוטונומית פלשתינאית פורקה יחידת המסתערבים שמשון.
• גדוד שמשון הוקם בשנת 1998 כאחד מששת גדודי החי"ר  הייעודי אשר הוקמו על מנת ליצור כוח חי"ר מקצועי ללחימה בשטח אורבני.
• שם הגדוד נגזר מיחידת המסתערבים המיוחדת "שמשון" שפעלה ברחבי אזח"ע בשנות ה- 90 ונסגרה בעקבות הסכמי  אוסלו.
• הגדוד הוקם עקב אירועי מערת המכפלה עם התמחות ללחימה בשטח כפרי ואורבני. לאחר תעסוקה של כשלש שנים  הועבר הגדוד ללחימה בגזרת אזח"ע והוכפף לחטמ"ר צפונית/אוגדת  אזח"ע.  לאור הצלחתו הועבר הגדוד לבצע תעסוקה מבצעית בגזרת נצרים שם שהה עד ביצוע תוכנית ההתנתקות. ומאז הגדוד ביצע תעסוקות בכלל איו"ש.
• ביולי 2005 הוכפף הגדוד לחטיבה 900 כחלק ממערך גדודי חי"ר המתמחים בלחימה אורבנית בכפרים ובערים הפלשתיניות.

גזרה מקורית: פעילות  הגדוד עד מרץ 2008 בגזרת  "עציון" כגדוד האחראי על העיר בית לחם.

מקור השם:

על שם שמשון הגיבור המקראי , "ויך שמשון את הפלישתים שוק על ירך".